1、頭痛
頭痛是很多愛滋病藥物的副作用。在大多數情況下，頭痛是輕微的，並逐漸消退，甚至消失後幾個星期的藥物。止痛藥，例如：乙酰氨基酚(撲熱息痛)可緩解頭痛。用藥一定要咨詢專業醫生!
2、情感和睡眠障礙
依非韋倫、恩曲他濱和替諾福韋組成的三藥合劑阿托伐(Atripla)，每天只需服用1次，每次1片，可能會導致一些情感和睡眠問題。這些愛滋病藥物副作用通常也是很溫和的，在治療數周後逐漸減輕，甚至消失。不過，一些人可能很難忍受這些副作用，而需要更換治療。如果您出現情感和睡眠障礙，請及時告訴醫生。
3、皮疹
許多抗病毒藥物會引起皮疹。這種皮疹往往在治療後幾個星期逐漸減輕，甚至消失，但即便如此，您也應該及時告訴醫生，因為某些皮疹是嚴重副作用(特別是您正在服用阿巴卡韋或奈韋拉平時)或感染的表現。
4、性問題
一些愛滋病藥物可能導致性問題(性功能障礙) ，但許多其他原因也可能導致這個問題。如果你一旦企業出現社會性功能障礙，也很難確定是抗病毒治療研究藥物可以引起的。性問題包括性欲下降和性能力下降。除了治療副作用(不僅僅是抗HIV藥物，還有其他很多藥物，例如抗抑鬱藥)，精神障礙(焦慮、緊張、抑鬱等)、吸毒、酗酒、疾病和老齡等諸多原因都可以引起性問題。如果你有性問題，不妨告訴你的醫生。更重要的是，要考慮是否存在某種心理問題，這促使了問題的發生。
5、疲倦
疲倦(疲勞)也是大多數抗HIV藥物的副作用之一。與其他副作用一樣，疲倦在治療的前幾個星期最為明顯，然後逐漸減輕，直至完全消失。如果您出現疲倦，請及時告訴醫生。充足的睡眠、均衡的飲食和定期鍛煉有助於改善疲勞。
6、長期副作用
長期副作用可能我們會有：肝腎功能異常、脂肪細胞代謝功能障礙、代謝發生改變等。
但是你不必太擔心這些副作用，因為每次你回到醫生那裏去拿藥時，你都會做一次常規檢查，包括：血液常規、肝腎功能、血液生化等等。醫生會對檢查結果可以進行研究分析，幫助你及時查看身體發展變化情況，針對企業不同的情況保持或者更換治療技術方案。
根據企業現有的醫藥公司研發發展速度，大概兩年就會導致出現這樣一種新的HIV治療藥物，或者對原有藥物的改良升級。長效注射的出現也為不能每天按時服藥的艾滋病毒攜帶者提供了一種新的治療方法。相信在不久的將來，隨著治療藥物和治療方案的不斷推進，絕大多數艾滋病病毒攜帶者將生活得更自由、更輕松。
